[헤럴드경제=최상현 기자] 앞으로 정부출연연구기관(출연연)이 원천기술을 이전하거나 출자해 설립한 연구소 기업의 지분 매각으로 얻은 수백억대의 수익은 ‘기술료’로 인정받을 수 없게 됐다.

‘수익금’으로 간주돼 일반적인 비과세 혜택도 누리지 못하게 될 것으로 보인다. 이에 따라 기술투자에 기여한 연구자들에게 돌아가는 몫도 줄어들 것으로 예상된다.

23일 미래창조과학부에 따르면 정부는 최근 3~4곳의 법무법인에 유권해석을 의뢰해 출연연의 기술출자에 따른 경제적 성과는 기술료로 인정하기 어렵다는 결론을 내렸다.

일반적으로 연구개발성과를 실시하는 권리(실시권)를 획득한 대가로 개별 계약에 따라 국가, 전문기관 또는 연구개발성과를 소유한 기관에 지급하는 전통적 의미의 기술료로 볼 수 없다는 것이다. 현재 미래부 소관 기술료 보상 규정은 기술료가 현금일 경우에만 기준이 정해져 있다. 유가증권의 경우 기술료 인정 여부에 대해서는 명확한 규정이 없다.

이에 따라 출연연을 중심으로 연구소 기업의 상장 수익에 따른 연구원들의 보상 기준을 둘러싸고 1년 넘게 의견이 분분했다. 한국원자력연구원이 기술 이전해 설립한 연구소기업인 ‘콜마BNH’가 대박을 터뜨린 것은 논란에 불을 지폈다.

원자력연구원은 지난 2004년 기술 이전을 통해 콜마BNH를 기술 이전해 창업 당시 기술출자 등을 통해 총 4억여원을 출자했다. 원자력연구소는 지난해 5월 소유 주식 중 25％를 매각해 484억원의 수익을 거뒀다. 앞으로 추가 지분 매각으로 인한 예상 수익도 1000억원이 넘을 것으로 예상된다.

현금으로 받는 기술료는 ‘국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(대통령령)’의 제2조와 제23조에 의한 기술료 사용에 관한 규정을 따르게 돼 있다. 원자력연구원의 경우 1차 매각 수익의 절반(50%)인 242억원과 향후 매각 예정 수익의 절반인 591억원 등 총 833억원을 원자력연구원의 연구자들에게 기술료 수입으로 배분할 수 있다. 반면 수익금은 ‘연구개발특구 육성에 관한 법률 시행령’에 따라 구체적인 보상 비율이 나와 있지 않아 해당 연구소의 장이 보상 비율을 자율적으로 정하게 돼 있다.

미래부가 연구소 기업의 상장수익을 기술료로 인정하지 않으면서 개별 연구자들에게 돌아가는 보상금액은 크게 줄어들 것으로 보인다.

기술료는 발명진흥법에 따라 세제(법인세) 혜택을 받지만 수익금으로 산정되면 세금을 내야 한다. 국세청 관계자는 “일반적으로 주식이나 출자지분의 양도로 인한 수입은 과세에 해당한다”고 말했다.

미래부 관계자는 “연구자들에게 유리하게 기여분이 돌아가야 한다는 원칙에는 변함이 없다”면서도 “유가증권으로 받은 주식의 경우 시간을 두고 가치가 변동될 수 있고 경영자와 종업원 전체의 노력이 종합된 것이어서 기술의 기여도 만을 따로 구분하기 어려운 측면이 있다”며 “연구개발특구법에 따라 연구자들의 기여분을 분배하는 것이 바람직하다”고 말했다.

미래부는 다만 기술창업 활성화와 연구자들의 사기 진작 저하를 방지하기 위해 보완책을 검토해 나간다는 방침이다.

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