해외에 현지법인을 둔 기업이 지방자치단체에 법인지방소득세를 낼 때 해외에서 납부한 세금을 공제받지 못해 이중과세 부담을 안고 있다는 지적이 제기됐다.

전국경제인연합회 산하 한국경제연구원(이하 한경연)은 5일 “해외진출 기업들이 2018년부터 지자체를 상대로 이중과세된 세금을 돌려달라는 경정청구를 했지만 받아들여지지 않아 소송까지 이어지고 있다”며 이같이 밝혔다.

현재 해외진출 기업은 외국에 세금을 납부한 경우 정부에 내는 법인세(국세)에서 외국납부세액공제를 적용받지만 지자체에 내는 법인지방소득세(지방세) 계산에선 공제를 받을 수 없다. 지난 2014년부터 새로 시행된 지방세법과 지방세특례제한법에서 외국납부세액공제 관련 규정이 삭제됐기 때문이다.

이전까지는 법인세의 10%가 법인지방소득세로 할당돼 법인세의 공제가 지방세에도 적용됐지만 2014년 법인지방소득세가 독립세로 전환되면서 공제가 적용되지 않게 됐다.

그 결과 지난해 국내 기업들이 이중으로 낸 법인지방소득세(2018년도분)는 약 2800억원에 이르고, 관련 소송 건수도 2012년 16건에서 2018년 38건으로 증가했다.

2018년 10월 대법원이 “법인지방소득세를 부과할 때 외국에서 납부한 세금은 과세표준에서 제외해야 한다”고 판결했지만 아직까지 관련 법령의 개정으로 이어지지 않고 있다.

예를 들어 해외 현지법인이 300억원의 소득 중 세금으로 45억원(법인세율 15%)을 현지에 납부하고 국내 모기업에 255억원을 배당하는 경우 법인지방소득세는 2014년 법 개정 전 1억6800만원이었지만 개정 후 6억1800만으로 4억5000만원 증가하게 된다.

행정안전부는 지난 4월 관련 제도개선을 하반기 국회에서 추진하겠다고 밝힌 상태다.

임동원 한경연 부연구위원은 “외국납부세액공제를 적용하지 않는다면, 해외소득의 과도한 현지유보 문제가 심화될 가능성이 높다”고 우려했다.

김현일 기자